电子商业汇票系统使用费包年计入的科目主要有以下几个：
1. 管理费用-办公费：这部分费用主要用于支付电子商业汇票系统的维护和更新费用，以及相关的技术支持和培训费用。这些费用通常用于确保系统能够正常运行，并满足企业的需求。
2. 管理费用-咨询费：在购买和使用电子商业汇票系统的过程中，可能需要聘请外部专家或顾问提供咨询服务。这部分费用应计入咨询费，以反映企业为获取专业建议所支付的费用。
3. 管理费用-差旅费：如果需要出差到现场进行系统安装、调试或验收等操作，所产生的差旅费用应计入差旅费。
4. 管理费用-折旧费：电子商业汇票系统属于固定资产，其购置成本应在使用寿命内逐年摊销。因此，这部分费用应计入折旧费，反映资产价值随时间推移而逐渐减少的情况。
5. 管理费用-利息支出：如果电子商业汇票系统需要通过银行进行融资或担保，产生的利息支出应计入利息支出。
6. 管理费用-其他相关费用：根据实际发生的其他与电子商业汇票系统相关的费用，如软件升级费、技术支持服务费等，应计入相应的科目。
综上所述，电子商业汇票系统使用费包年计入的科目主要包括管理费用-办公费、管理费用-咨询费、管理费用-差旅费、管理费用-折旧费、管理费用-利息支出以及其他相关费用。这些科目共同反映了企业在购买和使用电子商业汇票系统过程中所承担的各项费用。
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