海关签约无纸化是指通过电子签名、电子认证等方式，实现进出口货物的申报、审批、放行等环节的无纸化操作。这种模式可以大大提高通关效率，降低企业成本，提高贸易便利性。
在签订海关合作协议时，是否可以选择使用海关签约无纸化系统，主要取决于以下几个因素：
1. 政策支持：政府是否鼓励和支持无纸化通关，有无相关的政策规定和优惠措施。
2. 技术成熟度：海关签约无纸化系统的技术是否成熟稳定，能否满足企业的业务需求。
3. 系统兼容性：所选的海关签约无纸化系统是否与现有的业务流程和操作系统兼容，能否顺利集成到现有的系统中。
4. 数据安全：选择的海关签约无纸化系统是否具备较高的数据安全性，能否保证企业信息的安全。
5. 服务质量：所选的海关签约无纸化系统的服务是否优质，能否及时解决企业在通关过程中遇到的问题。
6. 成本考虑：虽然无纸化通关可以提高通关效率，但也需要考虑到其可能带来的额外成本，如系统维护、人员培训等。
7. 企业规模：对于大型企业来说，可能需要更多的技术支持和专业人员来使用和维护无纸化系统，而对于小型企业来说，可能更注重系统的易用性和成本效益。
8. 合作方意愿：双方在合同中是否约定了使用无纸化系统的条款，以及双方对无纸化通关的期望和要求。
总之，在签订海关合作协议时，是否可以选择使用海关签约无纸化系统，需要综合考虑以上因素，并与合作方充分沟通协商，以确保双方的利益得到保障。
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