仓存系统材料暂估入库金额与发票金额不一致的处理方式通常涉及以下几个步骤：
1. 核对账目：首先，需要核实仓库系统中的库存记录和财务系统中的会计记录是否准确。检查是否有录入错误、遗漏或者重复记账的情况。
2. 查找原因：分析导致金额不一致的原因。这可能包括供应商开具的发票错误、采购过程中的沟通失误、内部核算错误等。
3. 调整库存：根据核对结果，对库存进行相应的调整。如果发现有误，需要从库存中移除或替换为正确的材料。
4. 更新财务数据：将库存调整后的信息及时更新到财务系统中，确保财务数据的准确性。
5. 审核流程：对于金额不一致的问题，可能需要上级管理人员进行审核，以确保处理措施得当且符合公司政策。
6. 防止未来发生：分析此次事件的原因，制定相应的预防措施，避免类似问题再次发生。
7. 通知相关人员：将处理结果和原因通报给相关的采购部门、财务部门以及供应商，以便于他们了解情况并采取相应的行动。
8. 培训与教育：对相关员工进行培训，提高他们对库存管理和财务核算的认识，减少人为错误。
9. 持续监控：建立持续的监控机制，定期检查库存和财务数据，确保准确性。
10. 法律合规：确保所有操作符合相关的法律法规要求，避免因处理不当导致的法律风险。
在处理过程中，重要的是要保持透明和沟通，确保所有相关人员都了解发生了什么，以及下一步的计划是什么。通过有效的沟通和协调，可以有效地解决这一问题，并防止未来的类似问题。
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