自动化系统开发票单位开具发票的流程通常包括以下几个步骤：
1. 准备相关材料：首先，需要准备好相关的材料，如营业执照、税务登记证、组织机构代码证等。这些材料是证明单位身份和合法性的重要文件。
2. 填写开票申请表：根据税务局的要求，填写开票申请表。申请表中需要填写单位的基本信息、开票日期、开票金额等内容。
3. 提交申请：将填写好的开票申请表和相关材料提交给税务局。在提交前，最好先进行核对，确保所有信息准确无误。
4. 审核通过：税务局会对提交的材料进行审核。审核通过后，会出具一份《受理通知书》。这份通知书上会注明审核结果和开具发票的时间。
5. 开具发票：在规定的时间内，根据《受理通知书》上的信息，到税务局指定的地点开具发票。开具发票时，需要提供单位的相关信息和开票内容。
6. 领取发票：开具发票后，需要到税务局领取发票。领取时，需要提供《受理通知书》和单位的相关资料。
7. 保存发票：领取发票后，需要妥善保管。发票是重要的财务凭证，需要按照规定进行保存和管理。
8. 报销和抵扣：在购买商品或服务时，需要将发票提供给供应商或税务机关进行报销和抵扣。在报销时，需要提供发票原件和复印件。
9. 定期报税：根据税务局的规定，需要定期向税务局报送财务报表和其他相关材料。这是保证税收合规的重要环节。
10. 注意事项：在开具发票的过程中，需要注意以下几点：
- 确保所有材料齐全、真实、有效。
- 遵守税务局的规定和要求，按时完成各项手续。
- 注意保存好发票，避免丢失或损坏。
- 及时了解税务局的最新政策和规定，以便更好地开展工作。
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