区块链电子发票是一种基于区块链技术的发票形式，它能够提供不可篡改、可追溯和透明化的发票信息。在税务总局网站上查询不到区块链电子发票的情况下，是否可以入账取决于多个因素：
1. 发票真伪：如果税务局网站无法查询到发票信息，可能是因为该发票尚未被税务局系统收录或存在其他问题。在这种情况下，企业需要确认发票的真实性，并确保其符合税务规定。
2. 发票状态：税务局网站可能只显示已开具且已经缴税的发票。如果发票还未缴税，那么它可能不会被记录在税务局系统中。企业应该检查发票是否已经完成了税务申报流程。
3. 发票类型：不同类型的发票（如增值税专用发票、普通发票等）可能有不同的查询方式和要求。企业需要了解其适用的发票类型，并按照相关规定进行查询。
4. 发票开具时间：有些税务局网站可能只显示最近一段时间内的发票信息。如果发票开具时间较早，那么它可能不会出现在税务局网站的查询结果中。
5. 税务政策：不同地区的税务政策可能有所不同。在某些地区，税务局网站可能不提供所有类型的发票查询服务。企业需要了解当地的税务政策，并按照相关规定处理发票问题。
6. 企业会计处理：即使税务局网站无法查询到发票，企业仍然需要按照会计准则和税法规定进行处理。如果发票不符合规定，企业可能需要采取其他措施来证明其合法性和真实性。
总之，虽然税务局网站无法查询到区块链电子发票的情况较为罕见，但企业仍然需要谨慎对待。在处理发票问题时，企业应遵循当地税务法规和会计准则，确保其财务处理的准确性和合规性。如有疑虑，建议咨询专业会计师或税务顾问的意见。
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