医院管理系统的数据分析方法主要包括以下几个方面：
1. 数据收集：这是数据分析的第一步，需要从医院的各个部门收集数据，包括门诊、住院、药房、检验科等。这些数据可能包括患者的基本信息、就诊记录、药品使用情况、医疗费用等。
2. 数据清洗：在收集到的数据中，可能会存在一些错误、重复或者不完整的数据。这时候就需要进行数据清洗，包括去除异常值、填补缺失值、消除重复记录等。
3. 数据整合：将不同来源、不同格式的数据进行整合，形成统一的数据模型，以便后续的分析。
4. 数据分析：根据分析目标，选择合适的分析方法，对整合后的数据进行分析。常见的分析方法有描述性统计分析、相关性分析、回归分析、聚类分析、分类分析等。
5. 结果解释：将分析结果以图表、报告等形式展示出来，帮助决策者理解数据分析的结果。
6. 数据可视化：通过图表、地图等形式，直观地展示数据分析的结果，使决策者更容易理解和接受。
7. 数据挖掘：通过对大量数据的挖掘，发现数据中的规律和趋势，为医院的决策提供支持。
8. 数据保护：在进行数据分析的过程中，需要注意保护患者隐私，遵守相关法律法规。
9. 持续优化：数据分析是一个持续的过程，需要根据新的数据和情况，不断调整和优化数据分析的方法和工具。
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