电子合同与纸质合同在法律地位上是等同的，它们都具备法律效力。公章作为公司法人或其授权代表对外签署合同时使用的官方印章，无论是电子合同还是纸质合同，都需要加盖公章以证明合同的真实性和合法性。
如果遇到电子合同和纸质合同公章不同的情况，以下是一些建议：
1. 确认合同内容：需要仔细核对两份合同的内容是否一致，包括合同条款、双方的权利义务、违约责任等。如果发现有差异，应及时与对方沟通解决。
2. 收集证据：保留好电子合同和纸质合同的原件以及相关附件，如合同签订的电子邮件、短信、微信聊天记录等。这些证据将在后续可能出现的法律纠纷中起到关键作用。
3. 寻求专业意见：在处理此类问题时，最好咨询专业律师的意见。律师可以提供专业的法律建议，帮助判断公章的不同是否会导致合同效力受到影响，并指导如何应对可能的法律风险。
4. 协商解决：如果公章的差异不影响合同的法律效力，可以尝试与对方协商解决。通过友好协商，双方可以达成一致，修改合同内容或达成其他解决方案。
5. 法律途径：如果协商无果，可以考虑通过法律途径解决问题。向法院提起诉讼，请求判令合同有效或要求对方承担违约责任。在诉讼过程中，提交的证据将有助于证明公章的差异并不影响合同的有效性。
6. 注意时效：根据《中华人民共和国民法典》的规定，当事人在知道或者应当知道自己的权利被侵害之日起一年内可以向人民法院提起诉讼。因此，在发现公章不一致后，应尽快采取行动，以免错过诉讼时效。
7. 注意保密：在处理这类问题时，要注意保护商业秘密和个人隐私。避免泄露合同内容或其他相关信息给无关人员，以免给自己带来不必要的麻烦。
总之，电子合同和纸质合同公章不同的情况下，应采取积极措施解决问题。通过核实合同内容、收集证据、寻求专业意见、协商解决、法律途径、注意时效和保密等方法，可以有效地维护自己的权益。
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