软件申请费用通常不能算作研发费用。研发费用是指企业在进行新产品、新技术、新工艺的研发过程中发生的费用，包括人员工资、设备购置、原材料购买、试验费用等。而软件申请费用主要是企业为了获得软件著作权或专利而支付的费用，这不属于研发费用的范畴。
在计算企业的研发投入时，研发费用主要包括以下几个方面：
1. 人员工资：研发人员的工资、奖金、津贴等。
2. 设备购置：用于研发的设备购置费用，如计算机、实验仪器等。
3. 原材料购买：研发过程中所需的原材料、试剂等。
4. 试验费用：研发过程中的试验费用，如样品制备、测试等。
5. 其他费用：研发过程中的其他相关费用，如差旅费、会议费等。
在进行研发费用的核算时，企业需要根据实际发生的费用进行归集和分配，确保研发费用的准确性和合理性。同时，企业还需要关注研发费用的合规性，确保符合国家关于研发费用的相关规定。
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