侵入非法控制计算机程序工具罪，是指违反国家规定，侵入国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统的行为。根据《中华人民共和国刑法》第二百八十五条之四的规定，犯此罪的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金；情节特别严重的，处三年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
在司法实践中，对于侵入非法控制计算机程序工具罪的认定，主要依据以下几个方面：
1. 行为人是否违反了国家规定，侵入了国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统。这是判断行为是否构成该罪的关键。
2. 行为人是否具有非法控制计算机程序工具的目的。如果行为人的目的是为了获取非法利益，如盗取他人信息、破坏系统等，那么可以认定为具有非法控制计算机程序工具的目的。
3. 行为人是否实施了侵入计算机信息系统的行为。这包括通过网络、物理手段等方式，非法进入他人的计算机信息系统。
4. 行为人是否造成了严重后果。如果行为人的行为导致了国家事务、国防建设、尖端科学技术领域的计算机信息系统受到严重损害，或者造成了其他严重后果，那么可以认定为情节严重。
5. 行为人的主观态度。如果行为人明知自己侵入的是非法控制的计算机程序工具，仍然实施了侵入行为，那么可以认定为具有故意。
在具体案件中，法院会根据上述几个方面进行综合判断，以确定行为是否构成侵入非法控制计算机程序工具罪。同时，法院还会考虑行为人的动机、手段、后果等因素，以及是否有自首、立功等从轻或减轻处罚的情节，来决定最终的判决结果。
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