涉密信息系统集成资质乙级申请流程主要包括以下几个步骤：
1. 准备阶段：首先，企业需要对自身进行评估，确定是否具备申请乙级资质的条件。如果条件符合，就可以开始准备申请材料了。
2. 提交申请：准备好所有申请材料后，企业需要向相关的主管部门提交申请。申请材料通常包括企业的基本信息、项目经验、技术能力等方面的证明材料。
3. 审核阶段：主管部门会对企业的申请材料进行审核。审核内容包括企业是否符合申请乙级资质的条件、项目经验是否真实有效、技术能力是否符合要求等。审核通过后，企业将进入下一阶段。
4. 现场评审：审核通过的企业需要进行现场评审。现场评审主要考察企业的硬件设施、软件系统、人员素质等方面。评审结果将作为企业是否具备乙级资质的重要依据。
5. 颁发证书：现场评审通过的企业将获得乙级资质证书。证书的有效期一般为三年，期满后需要重新申请。
6. 持续监管：获得乙级资质后，企业需要定期接受主管部门的监督检查，确保其持续符合资质要求。如有不符合要求的情况，主管部门将依法进行处理。
7. 升级申请：企业在满足一定条件后，可以向主管部门提出升级申请，申请更高级别的资质。升级申请同样需要提交相关材料，经过审核和评审后，符合条件的企业将获得更高级别的资质证书。
总之，涉密信息系统集成资质乙级的申请流程主要包括准备、提交、审核、现场评审、颁发证书、持续监管和升级申请等环节。企业在申请过程中需要严格遵守相关规定，确保申请材料的完整性和真实性，以顺利通过审核并取得资质证书。
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