在处理开票系统服务费账务时，如果发现暂不抵扣的情况，需要按照以下步骤进行操作：
1. 确认服务费用性质：首先，需要确认开票系统服务费的性质。这包括了解该费用是否属于增值税应税项目，以及是否已经取得了相应的发票或收据。
2. 检查相关法规和政策：根据国家税务局的规定，对于一些特定类型的服务费用，如技术服务费、软件服务费等，可能允许在一定期限内暂不抵扣进项税额。因此，需要查阅相关的法规和政策，以确定是否可以暂不抵扣。
3. 与税务机关沟通：如果确认可以暂不抵扣，那么需要及时与当地税务机关取得联系，了解具体的操作流程和要求。可能需要提供相关的证明材料，如合同、发票等，以便税务机关核实情况。
4. 填写相关表格：根据税务机关的要求，填写《增值税纳税申报表》等相关表格，说明暂不抵扣的原因和理由。同时，确保所有信息准确无误，以免影响后续的税务审计。
5. 提交申请：将填写好的表格和相关证明材料提交给税务机关，等待审核。在此期间，要密切关注税务机关的反馈，如有需要补充材料或修改的地方，要及时进行调整。
6. 关注后续事项：一旦申请通过，需要密切关注后续事项。例如，是否需要定期向税务机关报告服务费用的使用情况，以及是否需要重新开具发票等。
7. 总结经验教训：在处理此类问题的过程中，要总结经验教训，以便在未来遇到类似情况时能够更加顺利地应对。例如，提前了解相关政策和法规，及时与税务机关沟通，确保所有操作符合规定要求等。
总之，在处理开票系统服务费账务时，如果发现暂不抵扣的情况，需要按照上述步骤进行操作。同时，要密切关注税务机关的反馈和要求，确保所有操作符合规定要求。
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