自主研发的专利发明是否可以全部费用化，取决于具体的法律环境和公司政策。在某些情况下，专利发明的费用可以被完全计入成本，而在其他情况下，可能需要按照一定的比例进行费用化。
首先，我们需要了解专利发明的性质。如果专利发明是公司的核心竞争力，那么将其全部费用化可能会对公司的财务状况产生重大影响。在这种情况下，公司可能需要与投资者和股东进行沟通，解释为什么需要将专利发明的费用化，并寻求他们的理解和支持。
其次，我们需要考虑公司的财务状况。如果公司有足够的资金来支付专利发明的费用，那么将其全部费用化可能是可行的。然而，如果公司的资金紧张，那么可能需要寻找其他方式来筹集资金，或者选择将部分费用化。
此外，我们还需要考虑公司的长期战略。如果专利发明对公司的长期发展至关重要，那么将其全部费用化可能有助于保护公司的竞争优势。然而，如果专利发明对公司的短期盈利能力影响较大，那么可能需要权衡利弊，选择其他方式来处理专利发明的费用问题。
最后，我们还需要考虑公司的合同义务。如果公司与合作伙伴或客户签订了合同，其中规定了专利发明的使用和许可条款，那么在合同期限内，专利发明的费用可能需要按照合同约定的方式进行处理。
综上所述，自主研发的专利发明是否可以全部费用化，取决于多个因素，包括专利发明的性质、公司的财务状况、长期战略以及合同义务等。在实际操作中，建议公司与相关方进行充分的沟通和协商，以确保专利发明的费用处理方式符合公司的利益和战略目标。
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