项目组织结构与项目管理系统的关系是密不可分的。一个有效的项目管理系统能够对项目组织结构进行优化，提高项目的执行效率和质量。
首先，项目组织结构决定了项目管理系统的设计。一个合理的项目组织结构能够使项目管理系统的功能得到充分的发挥。例如，如果项目组织结构是线性的，那么项目管理系统就应该设计成线性的；如果项目组织结构是网状的，那么项目管理系统就应该设计成网状的。
其次，项目组织结构会影响项目管理系统的使用。不同的项目组织结构会导致项目管理系统的使用方式不同。例如，在扁平化的组织结构中，项目经理可以直接向高层汇报工作，而在层级化的组织结构中，项目经理需要通过层层上报才能得到高层的认可。
再者，项目组织结构也会影响项目管理系统的效果。如果项目组织结构不合理，那么项目管理系统的效果也会受到影响。例如，如果项目组织结构过于复杂，那么项目管理系统就需要花费大量的时间来处理复杂的事务，从而影响项目进度。
总的来说，项目组织结构与项目管理系统的关系是相互影响的。一个好的项目组织结构可以促进项目管理系统的有效运行，而一个高效的项目管理系统也可以帮助改善项目组织结构，从而提高项目的执行效率和质量。
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