软件系统无形资产认证机构主要包括以下几种：
1. 国家知识产权局：作为国家级的知识产权管理机构，负责全国范围内的知识产权管理工作。国家知识产权局设有专门的软件著作权登记机构，负责对软件系统的著作权进行登记和认证。
2. 地方知识产权局：在各个省市自治区设立的地方知识产权局，负责本辖区内的知识产权管理工作。这些地方知识产权局通常设有软件著作权登记机构，负责对软件系统的著作权进行登记和认证。
3. 行业协会或专业机构：一些行业协会或专业机构也提供软件系统无形资产认证服务。这些机构通常具有丰富的行业经验和专业知识，能够为软件系统提供专业的评估和认证服务。
4. 第三方认证机构：一些专业的第三方认证机构也提供软件系统无形资产认证服务。这些机构通常具有严格的认证标准和程序，能够确保软件系统无形资产的真实性和合法性。
5. 企业内部审计部门：企业的内部审计部门也可以提供软件系统无形资产认证服务。这些部门通常具有丰富的财务和业务知识，能够对企业的软件系统资产进行评估和认证。
6. 咨询公司：一些专业的咨询公司也提供软件系统无形资产认证服务。这些公司通常具有丰富的行业经验和专业知识，能够为企业提供专业的评估和认证服务。
7. 科研机构：一些科研机构也提供软件系统无形资产认证服务。这些机构通常具有丰富的科研背景和专业知识，能够为企业提供科学的评估和认证方法。
总之，软件系统无形资产认证机构主要包括国家知识产权局、地方知识产权局、行业协会或专业机构、第三方认证机构、企业内部审计部门、咨询公司和科研机构等。这些机构通过不同的方式和手段，为企业提供专业的软件系统无形资产认证服务，帮助企业保护和传承无形资产的价值。
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