软件公司的毛利通常不包含研发费用。毛利是指销售收入减去销售成本（包括直接材料、直接人工和制造费用）后的剩余金额，是公司在一定时期内通过销售产品或提供服务所获得的利润。而研发费用是指公司在研发新产品、改进现有产品或开发新技术过程中发生的费用，如人力成本、设备折旧、原材料采购等。
在计算软件公司的毛利时，主要考虑的是销售收入，即从客户那里收到的款项。这部分收入扣除了与销售相关的直接成本（如销售佣金、包装费等），剩下的就是毛利。因此，研发费用并不直接计入毛利，而是作为期间费用处理，在计算净利润时会从毛利中扣除。
然而，在某些情况下，研发费用可能会间接影响毛利。例如，如果研发活动导致产品成本上升，那么这部分成本可能会反映在销售收入上，从而影响毛利。此外，如果研发活动产生了额外的无形资产（如专利、商标等），这些无形资产的价值可能会体现在销售收入中，从而影响毛利。
总的来说，软件公司的毛利主要关注销售收入和销售成本，而研发费用则是期间费用，不会直接影响毛利。但在某些特殊情况下，研发费用可能会间接影响毛利。
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