在探讨软件开发是否全部计入研发费用以及为什么不能扣除成本的问题时，我们需要从会计和税务的角度来分析。
首先，根据《企业所得税法》第二十六条的规定，企业发生的研究开发费用可以加计扣除。这意味着，如果企业在计算应纳税所得额时能够提供充分证据证明其研究开发活动符合税法规定的条件，那么这些支出可以被允许在税前全额扣除。然而，并非所有的研发费用都可以全额扣除。
具体来说，只有当研发费用直接形成无形资产或实质性的经济利益时，才能在计算应纳税所得额时予以加计扣除。这是因为，如果研发费用并未直接形成无形资产或实质性经济利益，那么这部分费用就不能作为加计扣除的基础。
此外，根据《企业所得税法》第三十四条的规定，企业为开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用可以在按照规定计算的应纳税所得额中扣除。但是，对于非国家重点扶持的高新技术企业，其研发费用的加计扣除比例为75%。
至于成本问题，会计准则规定，企业应当将研发费用与生产成本区分开来。这是因为，研发费用是企业为了获取新技术、新产品、新工艺而发生的费用，而生产成本则是企业为了生产产品而发生的费用。因此，研发费用不应该被纳入生产成本进行扣除。
综上所述，虽然软件开发活动可能会产生一定的研发费用，但并非所有研发费用都可以全额扣除。只有当研发费用直接形成无形资产或实质性的经济利益时，才能在计算应纳税所得额时予以加计扣除。同时，研发费用与生产成本应该区分开来，不应被纳入生产成本进行扣除。
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