在电子合同中，双方已经履行了约定的义务，但合同尚未签字盖章的情况下，处理这种情况需要遵循一定的法律程序和原则。以下是一些可能的步骤和建议：
1. 确认合同内容：首先，双方应该仔细审查电子合同的内容，确保双方都对合同条款有清晰的理解，并且没有遗漏或误解。
2. 沟通协商：如果双方对合同内容有任何疑问或争议，应该及时进行沟通协商。通过友好的对话，双方可以解决分歧，达成共识。
3. 补充协议：如果双方无法达成一致意见，可以通过补充协议的方式修改合同内容。补充协议应当由双方共同签署，并作为原合同的补充文件。
4. 公证认证：在某些情况下，为了确保合同的法律效力，双方可以选择将电子合同进行公证或者认证。这通常需要提交相关材料给公证机关或者认证机构，经过审核后获得相应的证明文件。
5. 法律咨询：在处理此类问题时，建议双方寻求专业律师的帮助。律师可以提供专业的法律意见，帮助双方更好地理解法律规定，并指导如何妥善处理合同未签字的情况。
6. 诉讼途径：如果双方无法通过协商解决争议，可以考虑通过诉讼途径解决。在诉讼过程中，法院会根据事实和法律作出判决。
7. 注意时效问题：根据《中华人民共和国民法典》的规定，合同的订立、履行、变更、转让、终止等事项应当遵循法定程序。如果合同未签字盖章而未履行，可能会影响合同的效力。因此，双方应密切关注合同的履行情况，避免因未履行而导致合同无效。
8. 保留证据：在整个过程中，双方应该保留好与合同相关的所有证据，包括电子邮件、聊天记录、转账记录等。这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。
总之，在电子合同中，双方已经履行了约定的义务但合同尚未签字盖章的情况下，需要谨慎处理。通过沟通协商、补充协议、公证认证等方式，可以有效地解决争议，确保合同的法律效力。同时，双方应密切关注合同的履行情况，避免因未履行而导致合同无效。
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