在软件外包合同纠纷中，补充协议的有效性是一个复杂且关键的问题。根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括：行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。此外，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十六条也明确指出，当事人对建设工程的计价方式有约定的，按照约定结算工程价款；没有约定或者约定不明的，可以参照工程造价管理部门发布的计价方法或者市场价格来确定。
在软件外包合同纠纷中，补充协议的有效性取决于多个因素。首先，补充协议的内容必须符合法律规定，不得违反公序良俗。其次，补充协议必须经过双方当事人的同意，并且双方当事人的意思表示必须真实。最后，补充协议的内容必须与原合同相一致，不得随意更改原合同的条款。
如果补充协议的内容与原合同相冲突，那么补充协议将被视为无效。在这种情况下，原合同仍然有效，双方当事人应当按照原合同的约定履行各自的义务。如果补充协议的内容与原合同相一致，那么补充协议将被视为有效。在这种情况下，双方当事人应当按照补充协议的约定履行各自的义务。
总之，在软件外包合同纠纷中，补充协议的有效性取决于其内容是否符合法律规定、是否得到双方当事人的同意以及是否与原合同相一致。如果补充协议的内容与原合同相冲突，那么补充协议将被视为无效；如果补充协议的内容与原合同相一致，那么补充协议将被视为有效。
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