在企业会计中，定制仓库管理系统的投入通常计入以下科目：
1. 固定资产：这是最直接和常见的分类。定制仓库管理系统作为企业长期使用的资产，其价值会随着时间的推移而增加，因此应将其视为固定资产。在会计处理上，需要定期对系统进行折旧，以反映其实际价值的变化。
2. 无形资产：如果定制仓库管理系统具有独特的技术特性或知识产权，它可以被视为无形资产。无形资产的价值可能会随着时间和技术的进步而变化，因此在会计处理上需要进行减值测试，以确保其价值不会超过预期的未来现金流量现值。
3. 管理费用：定制仓库管理系统的开发和维护成本可以被视为管理费用。这些费用是企业为了实现其战略目标而进行的投入，包括人力资源、技术资源和管理资源的使用。在会计处理上，需要将这些费用计入当期损益，以便在财务报表中反映企业的经营成果。
4. 研发支出：如果定制仓库管理系统的研发过程涉及到大量的研发投入，那么这部分费用可以被视为研发支出。研发支出是指企业在研究与开发过程中发生的费用，包括原材料、人工、设备等成本。在会计处理上，需要将研发支出计入当期损益，以便在财务报表中反映企业的创新能力和技术进步。
5. 其他相关科目：除了上述科目外，定制仓库管理系统的投入还可能涉及一些其他相关科目，如销售费用、财务费用等。这些科目的设置取决于企业的具体业务模式和会计政策。
总之，定制仓库管理系统的投入应根据其在企业中的用途和性质进行分类，并相应地计入相应的会计科目。在会计处理上，需要定期对系统进行折旧、减值测试和费用确认，以确保财务报表的准确性和可靠性。同时，企业还应根据自身的实际情况和会计准则的要求，选择合适的科目进行会计处理。
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